«Наруто» пользуется большим коммерческим успехом как в Японии, так и в других странах мира. На родине по состоянию на декабрь 2008 года было продано более 89 млн копий манги, а в 2008 году более 1 млн одного только 43-го тома, благодаря чему «Наруто» заняла девятое место в списке самой продаваемой манги Японии. Тома 41, 42 и 44 также попали в список бестселлеров, хотя и разошлись меньшим тиражом. В 2008 году общее количество проданных в Японии экземпляров составило 4 261 054 копий, а манга стала второй в списке бестселлеров. Не менее успешным оказался 2009 год: за первые полгода «Наруто» занял 3-е место в списке самой продаваемой в Японии манги, 45-й том разошелся тиражом более 1 млн копий, а 46-й том — более 850 тыс. копий. В США манга вошла в число бестселлеров наряду с такими книгами, как «Мемуары гейши» и «Код да Винчи». Десять процентов всей проданной в 2006 году манги пришлись на «Наруто». Седьмой том, изданный Viz Media в 2006 году, стал первой мангой в истории, получившей премию Quill Awards как «Лучший графический роман». В перечне книг общенациональной американской газеты «USA Today» 11-й том «Наруто» долгое время занимал место самой продаваемой манги в списке, пока его не опередил 28-й том, поднявшийся на 17-ю строчку в первую неделю после публикации в марте 2008 года и обративший на себя внимание обозревателей очень быстрым ростом продаж. Поисковый запрос «Naruto» в системе Yahoo! занял четвертое место в рейтинге самых популярных поисковых слов 2007 года и седьмое место — в 2008 году. Наряду с другими наиболее популярными современными произведениями, «Наруто» содержится в коллекции Киотского международного музея манги. В России распространением «Наруто» с 2008 года занимается издательство «Эксмо» в сотрудничестве с компанией «Комикс-Арт». По состоянию на октябрь 2009 года выпущено шесть томов русской версии манги. «Эксмо» издаёт мангу большим тиражом, как книги популярных писателей: тираж «Наруто» составил 25 тысяч экземпляров. Российскую печатную версию критиковали за выбор шрифтов, а также за ошибки в переводе имён и диалогов (в частности, в первом томе имя героя Конохамару было заменено на «Коноха»). «Отнюдь не лучший выбор, когда без лупы нельзя отличить „А" от „Д" и „Ц" от „И"», — пишет об издании интернет-ресурс «АниМаг». Однако, по мнению обозревателя данного сайта, эти ошибки незначительны по сравнению с «самим фактом выпуска „Наруто" на бумаге».
