Первая глава манги была опубликована в ноябрьском номере журнала «Shonen Jump» в 1999 году. Начальные 238 глав составляют первую часть и рассказывают о начале приключений Наруто; главы с 239-й по 244-ю известны как гайдэн (англ.) и повествуют о прошлом персонажа Какаси Хатакэ; все последующие главы относятся ко второй части. В США «Наруто» с 2003 года выпускает издательство Viz Media, причём одно время манга публиковалась в ускоренном темпе, чтобы догнать японских издателей.
На ноябрь 2009 года в Японии выпущено 48 томов («танкобонов») манги, из них 27 составляют первую часть сюжета. Первый танкобон был издан 3 марта 2000 года. Кроме того, издательство Shueisha выпустило несколько томов ани-манги (англ.), основанной на полнометражных анимационных фильмах, и разместило на своём сайте Shueisha Manga Capsule вариант «Наруто», доступный для скачивания на мобильный телефон.
